در مرکز شهر دامغان، مجموعهٔ امامزاده جعفر (ع) شامل بقعهٔ امامزاده جعفر (ع)، بقعهٔ امامزاده محمد (ع)، آرامگاه شاهرخ و بناى چهل دختران وجود دارد که قدمت آن‌ها به حدود ۱۲۵۰ سال قبل و به دوره سلجوقى مى‌رسد. امامزاده جعفر (ع) از اولاد حضرت امام سجاد (ع) است. گنبد امامزاده از ميزان متعارف بلندتر است و در سال‌هاى اخير با آجر معمولى به سبک پله‌اى بازسازى شده است. بقعه حرمى مربع شکل دارد که قبر در وسط آن قرار گرفته و يک صندوق چوبى کنده‌کارى شده روى قبر وجود دارد.
در کتيبهٔ دور بالاى صندوق، آياتى از سورهٔ فتح و آيه‌الکرسى از قرآن مجيد و لافتى الا على لا سيف الا ذوالفقار و نام چهارده معصوم، کنده‌کارى شده است. قبر که صندوق آن را احاطه کرده، مرتفع است. روى قبر، سنگى سياه به طور عمودى نصب شده است. ضريحى زيبا به طول ۵/۳ متر، و به عرض ۲ متر و به ارتفاع ۲/۲۰ متر که از چوب و به صورت مشبک ساخته شده توسط ميراث فرهنگى استان روى قبر نصب شده است.
صحن امامزاده جعفر (ع) مستطيل است و به فاصلهٔ ۲۰ مترى از درِ خيابان اصلى در ورودى بقعه‌اى قرار دارد که به امامزاده محمد (ع) معروف است. امامزاده را از اولاد حضرت امام موسى الکاظم (ع) مى‌دانند. بقعه داراى حرم هشت ضلعى است و در وسط حرم روى قبر گچى صندوقى از چوب وجود دارد.
در پايهٔ ايوان مقابل سنگ وقفنامه، سنگ ديگرى نيز نصب شده است. روى اين سنگ، صلوات بر پيغمبر اکرم (ص) و ائمهٔ دوازده‌گانه نوشته شده و تاريخ آن با حکوت ميرزا علاءالدوله پسر بايسنقر ابن امير تيمور گورکانى معاصر است. بايسنقر، خط ثلث را نيکو مى‌‌نوشت و کتيبهٔ مقصورهٔ مسجد گوهرشاد مشهد روى کاشى ممتاز به خط او است.
