بناى امامزاده سلطان سيدعلى متعلق به اواخر قرن هفتم و اوائل قرن هشتم هجرى است. بانى اين بناى زيبا و با شكوه ميرجلال الدين احمد بوده است كه در جلو در شرقى حرم امامزاده مدفون است. اين ساختمان مزار امامزاده سلطان سيد على فرزند امام موسى كاظم(ع)است. مؤلف تاريخ نائين به نقل از سالك اين امامزاده را صاحب كرامت ذكر كرده است و وى را سيدى بزرگوار ناميده است ميرجلال الدين بانى اين بقعه و بارگاه نيز از بزرگان نائين بوده كه قنانى به نام جلاالدين در نزديكى نائين احداث كرده ونيمى ازآن را وقف براين ساختمان نموده است. حرم امامزاده فضاى وسيعى است كه گنبدى بزرگ و زيبا و با كاشيهاى فيروزه اى رنگ بر بالاى آن خودنمايى مى كند در كنار اين حرم بزرگانى همچون سيد قوام الدين، بدرالدين و سيف الدين مدفون هستند بر رواق حرم مطهر امامزاده اشعارى بخط نستعليق نوشته شده كه سراينده آنها شخصى به نام ميرزا على تلگرافچى است. درمغرب حرم مدرسه دو طبقه اى ساخته شده كه به طلاب علوم دينى اختصاص دارد. مردم نائين به اين امامزاده اعتقادى كامل دارند و تا چند سال پيش اموات خود در صحن آن دفن مى كرده اند علاوه بر آن ازسا لهاى پيش در ايام عزادارى، دسته هاى سينه زنى در محل امامزاده حاضر شده و به سوگوارى مى پرداختند.
مؤلف كتاب (طرائق الحقائق) نيز ازاين امامزاده با احترام ياد كرده و اين بيت را امامزاده ذكر مى كند.
اين گنبد و رواق كه از عرش برتر است
خود بارگاه زاده موسى بن جعفراست
در نائين امامزادگان ديگرى نيز وجود دارند كه عبارتند از:
امامزاده ابومحمد، امامزاده جنيد، امامزاده عبدالله، امامزاده ابراهيم، امامزاده پيرمردان، امامزاده فاطمه نساء.
